La normativa vigente sui Patti Territoriali (DM n.320 del 31 luglio 2000) prevede l'erogazione dei contributi in quote annuali di pari importo. Già prima, la Circolare Ministeriale del 1 marzo 2000 aveva chiarito che:

1. la prima quota del contributo, che non sia a titolo di anticipazione, può essere erogata a partire dal 365° giorno successivo alla "data di riferimento" rappresentata da:

• la data di presentazione della richiesta di istruttoria bancaria, per i programmi d'investimento la cui data di avvio prevista dal business plan sia precedente a questa data o coincidente con essa;
• la data di avvio del programma di investimento prevista nel business plan, se questa è successiva alla data di presentazione della richiesta di istruttoria.

• MODALITÀ APPLICATIVE PER LA CONCESSIONE DELLE AGEVOLAZIONI TRAMITE LEASING ALLE INIZIATIVE INCLUSE IN PATTI TERRITORIALI E CONTRATTI D’AREA.
• Foglio di calcolo per i contributi da erogare per le spese in Leasing.

DELIBERA CIPE DEL 22/6/2000 N.69: DISPOSIZIONI IN MATERIA DI PROGRAMMAZIONE NEGOZIATA E MODIFICHE A DELIBERE N. 16 DEL 15.2.2000 E N. 31 DEL 17.3.2000. Disciplina l'individuazione, la costituzione ed il finanziamento del responsabile unico del contratto d'area e del soggetto responsable del patto territoriale, le modalità di finanziamento dei patti territoriali e dei contratti d'area.

• Sono ammesse le spese sostenute per l'acquisto di beni in regime di locazione finanziaria: L'importo agevolabile è pari alle spese di acquisizione dei beni da parte della società di locazione finanziaria. Il contributo sarà erogato alle imprese beneficiarie in quote annuali di uguale importo unitario in numero pari alla durata contrattuale, espressa in anni, del sottostante contratto di locazione finanziaria. Le quote annuali non potranno comunque essere di numero superiore a nove ed oltre il nono anno dalla data di presentazione del patto per l'istruttoria, l'impresa non avrà comunque diritto a ricevere le eventuali quote di contributo non ancora erogate.

• Patti territoriale di prima generazione: abrogato il termine quadriennale di durata del patto, prevedendolo solo come termine per il completamento delle singole iniziative. Possono decadere le iniziative che non hanno prodotto la documentazione integrativa  entro il 1 luglio 2000.

• Patti territoriali di seconda generazione (bando del 30 novembre 98 e successivi): possibile revoca dei finanziamenti da parte del Ministero alle iniziative che non siano state attivate entro 16 mesi dalla trasmissione alla Cassa Depositi e Prestiti dell'elenco degli interventi di ciascun patto prevista al punto 2.11 della delibera 21 marzo 1997 n. 29. I sedici mesi vanno conteggiati: per il Patto di Bari dal 5/11/99, per il patto Polis dal 12/01/00. L'avvio dell'iniziativa deve risultare da spese effettuate ed imputabili al programma di investimento, entro queste date.